Duda sobre IRPF en paga extraordinaria

Buenos días.

Me pongo en contacto porque tengo una duda respecto a la tributación de la paga extraordinaria.

La paga extra la percibo los primeros días del mes en cuestión.
En esta nómina de la paga extra me aparece el salario bruto de convenio por paga extra más la antigüedad y a este montante se le aplica el porcentaje de IRPF por el que tributa. Hasta aquí todo bien.

Mi duda surge cuando en la nómina normal que percibo ese mes en la parte de devengos me aparece el salario bruto al mes de convenio, la antigüedad, y vuelve a aparecer el salario bruto de convenio por paga extra más la antigüedad junto con otros plus que percibo.

A todo ese montante se le aplica el porcentaje de IRPF por lo parece que la parte de ese montante que corresponde a la paga extra está tributando dos veces. He hecho los cálculos y en la parte de deducciones que corresponde al Irpf la cantidad que sale a deducir es resultado de aplicar el porcentaje de irpf a todo el montante, no solo al salario del mes más la antigüedad y los plus. Además en la parte de deducciones me aparece un campo que se llama Anticipo transferido que lógicamente se corresponde con el salario neto que percibí por esa paga extra.
Además el porcentaje de IPRF que se aplica en la nómina de la paga extra con el que se aplica en la nómina del mes, en el caso de la paga extra de Diciembre ni siquiera coincide. El Irpf de Diciembre suele ser más bajo que el resto de meses ya que me lo ajustan y suelo estar pagando de más los meses anteriores.
Si me podéis resolver la duda estaría muy agradecido porque no sé si es que hay un error, que no creo, ya que no suelen tenerlos, o hay algo que no llego a comprender.

¿La paga extra se tiene que incluir en la deducción por IRPF del mes aunque ya se le haya aplicado en su nómina correspondiente?

Muchas gracias de antemano.